생물에 기생하여 죽음에 이르게 하고,
DNA 정보를 바탕으로 의태하는 무서운 생물 「X」.

무의식중에 기생당해버린 나는
「X」의 천적인 메트로이드에서 생성된
백신에 의해 목숨을 건졌을 뿐만 아니라,
은하의 평온을 위협하는 이 생물에 대항할 수 있는
유일한 존재로 거듭났다.

그리고 풀 스펙 상태인 나 자신의 의태
「SA-X」와의 사투 끝에
마침내 「X」를 행성 「SR388」과 함께
전멸시키는 데 성공했다.
그런데……

시간이 흐른 어느 날
무슨 일인지 「X」의 존재를 나타내는 영상이
은하 연방 본부에 송신되어 왔다.
연방은 발신지로 보이는 미답의 행성 「ZDR」에
조사 로봇 「E.M.M.I.」 7체로 이루어진
특수부대를 파견해 실태를 규명하고 나섰으나,
그 부대는 「ZDR」에 도착 후
원인 불명으로 소식이 끊어지고 말았다.

과연 「X」는 실존하는 것인가?
그리고 「ZDR」에서 무슨 일이 일어나고 있는 것인가?
현지로 갈 수 있는 것은
「X」에 대한 내성이 있는 나 외에는 없다……

……여긴 어디지? 나는 왜 쓰러져 있는 거지?
몽롱한 의식 속에서
내 눈이 어떤 유적을 포착했다.
그리고……
이곳에서 정신을 잃기까지의 기억이 생생하게 돌아왔다.

행성 ZDR의 심층부에 도달한 지 얼마 되지 않아
그 녀석이 나타났다.
심상치 않은 위압감으로 앞을
가로막았다.
그 「수수께끼의 조인족」은
고출력 빔을 거침없이 내게 발사했다.

그 녀석은 그 거구에 걸맞지 않은 민첩함으로
덤벼들었다.
몸을 둘러싼 아우라가
내 공격을 모조리 무효화시켜 버린다.
한순간의 허점을 찔러
공격의 실마리가 보였다고 생각한 것도 잠시,
그 녀석은 순식간에 거리를 좁혀
아주 쉽게 나를 붙잡았다.

자유를 빼앗기고 속수무책인 나의
목숨을 끊으려는 의도였을 것이다.
그 녀석은 빔을 충전하며
어떤 말을 했다.
「HADAR SEN OLMEN」
나는, 이 말의 의미를 알고 있다…….

희미해져 가는 의식 속에서
자신의 몸에 생기는 변화를 느끼고 있었다.
그리고 뭔가 끓어오르는 듯한 감각이
절정에 달했을 때
내 기억은 끊긴 것이었다.

……지금, 나는 분명히 살아 있다.
그 「수수께끼의 조인족」은
왜 나를 방치한 채 사라졌을까.
정신을 차리고 보니 내 장비는 초기 상태가 되어 있었다.

그때 나에게 일어난 변화는
무엇이었을까.
그리고.......
왼손에 남아있는 이 위화감은?

생각할 겨를은 없다. 앞길을 서두르자……